Это стандартные действия чтоб сохранялись настройки а не сбрасывались по дефолту после закрытия игры. Практикуем метод лет 10ть. Он обязателен - из за него пролаги не бывают, это совсем не относится к рендеру изображения. Галка убирается из папки с игрой и из папки с сохранками
Вы проверили оба и оба остались и в обоих вариантах начали происходить пролаги? Знаете что. Откройте настройки экрана, поставьте разрешение на 1200*720. Потом запустите игру и заставьте её сгенерировать новые шейдеры (для этого временно уберите на время теста старые данные в папке C:\Users\ здесь Ваш ник на английском должен быть\AppData\Local\Phoenix  - может быть что кеш шейдеров не там, но попробовать стоит только для сброса старых настроек), игра определит оптимальные настройки и посмотрите будут ли пролаги. 
И про пролаги можете почитать коментарии в теме, там есть уже советы как настроить движок, также есть линк на пкгеймзвики что я оставлял - там также есть метод настройки движка., почитайтечто люди пишут про ссд про винты и про скоростя. Я по прежнему не понимаю на чем вы запускаете игру. Абсолютно все пролаги я не решу - их не возможно решить на этой версии игры.

P.S. Кстати где кеш шейдеров я не нашел, и не знаю буду ли искать. 
Но в стиме есть и такое 
В общем я устал. Ваша проблема, мой совет, ждём результат и ваш ответ.
И так по кругу каждый день то ответа нет то новый день.
Мне не на чем проверять советы найденные в интернете ибо моя ситуация - игра рабочая ни одного вылета ещё не встретил -4е часа теста.
Просто пишите проблему в поисковике двумя тремя словами. А здесь - просто оставляйте решение для других пользователей.